Виды-двойники с одинаковой морфологией, но разным генетическим строением возникают в результате процесса микроэволюции, когда в изолированной популяции вида происходят изменения генома или кариотипа. 1

Если эти изменения обеспечивают выживание особей, то со временем они распространяются среди их потомков, и популяция меняется внешне. 1 При этом выраженные морфологические особенности ещё не накопились, для их появления нужно время. 1

В пределах одного вида могут встречаться особи с разным числом хромосом, что является результатом мутаций. 5

Примеры видов-двойников: два вида чёрных крыс, девять видов малярийных комаров, бабочка данаида-монарх и бабочка вице-король. 45