Субстратное фосфорилирование играет важную роль в анаэробных условиях, потому что служит для быстрой регенерации АТФ независимо от доступности акцепторов электронов для дыхательной цепи переноса, то есть в отсутствии кислорода. 2

При субстратном фосфорилировании из глюкозы или других источников углерода выделяется незначительное количество энергии, но образующиеся при этом продукты брожения (молочная кислота, спирты и др.) сохраняют в себе значительные количества энергии. 1 Поэтому в анаэробных условиях бактериальная культура для получения необходимой энергии во много раз больше разлагает пищевой материал, чем в присутствии кислорода. 1

Также субстратное фосфорилирование способствует более полному использованию энергии окисляемых веществ, без него часть энергии просто бы терялась, превращаясь в теплоту. 2