Стоп-кодоны важны для эволюции и развития организмов, потому что они несут информацию о прекращении синтеза белка. 1

Такое контекстное прочтение делает генетический код устойчивее к мутациям, превращающим значащие кодоны в стоп-кодоны. 2 Если такая мутация произойдёт в геноме с инвариантным кодом, она приведёт к образованию короткого мутантного белка и преждевременной терминации трансляции. 2 Но когда подобное случится в неоднозначном геноме, стоп-кодон будет прочитан, поскольку находится на месте смыслового. 2

Кроме того, стоп-кодоны помогают предотвратить образование усечённых белков, которые могут возникать при сдвигах рамки считывания. 5 Поскольку эти мутации значительно нарушают функцию белка, они довольно редко закрепляются отбором: нередко отсутствие белка приводит к гибели организма ещё до рождения. 5