Степень конденсации хромосом различается между эухроматином и гетерохроматином из-за различий в плотности упаковки ДНК. 25

Эухроматин в неделящихся клетках (в интерфазе) отличается меньшей, по сравнению с гетерохроматином, плотностью упаковки (меньшей компактизацией ДНК). 3 Такой хроматин неразличим в световой микроскоп. 1 В эухроматине находятся гены, которые активно транскрибируются (экспрессируются). 3

Гетерохроматин хорошо различим в световой микроскоп, так как в его составе много белков, хорошо окрашивающихся осно́вными красителями. 1 Находящаяся в гетерохроматине ДНК не транскрибируется: это молчащие участки содержащей гены ДНК, а также теломеры и центромеры — структурные элементы хромосом, не содержащие генов. 1