Стандартная модель не является теорией всего, потому что она не способна описать некоторые явления, наблюдаемые в природе. 2 Некоторые из них:

• Гравитация. 34 Стандартная модель не включает в себя объяснение гравитации и несовместима с Общей теорией относительности, которая является наиболее успешной теорией гравитации на сегодняшний день. 3
• Тёмная материя и тёмная энергия. 35 Космологические наблюдения указывают, что Стандартная модель может объяснить только около 4,5% всей материи во Вселенной, в то время как остальная часть состоит из тёмной материи и тёмной энергии. 3
• Массы нейтрино. 3 В противоречии с предположением Стандартной модели о безмассовости нейтрино, эксперименты с нейтринными осцилляциями показали, что нейтрино имеют массу. 3
• Асимметрия материи и антиматерии. 3 Вопреки ожиданиям, основанным на Стандартной модели, Вселенная состоит преимущественно из вещества, в то время как модель предсказывает равное количество вещества и антивещества, которые должны были взаимоуничтожиться. 3
• Количество параметров. 3 Стандартная модель зависит от 19 числовых параметров, значения которых известны из эксперимента, но их источник остаётся неизвестным. 3

Физики уверены, что Стандартная модель должна быть частью некоторой более глубокой теории строения микромира, но что это за теория — достоверно пока неизвестно. 2