Стандартная модель физики элементарных частиц не считается фундаментальной, потому что она не является теорией всего и имеет некоторые ограничения и несовершенства: 25

• Гравитация. 2 Стандартная модель не включает в себя объяснение гравитации и несовместима с Общей теорией относительности. 2
• Тёмная материя и тёмная энергия. 2 Космологические наблюдения указывают, что Стандартная модель может объяснить только около 4,5% всей материи во Вселенной, в то время как остальная часть состоит из тёмной материи и тёмной энергии. 2
• Массы нейтрино. 2 В противоречии с предположением Стандартной модели о безмассовости нейтрино, эксперименты с нейтринными осцилляциями показали, что нейтрино имеют массу. 2
• Асимметрия материи и антиматерии. 2 Вопреки ожиданиям, основанным на Стандартной модели, Вселенная состоит преимущественно из вещества, в то время как модель предсказывает равное количество вещества и антивещества, которые должны были взаимоуничтожиться. 2
• Количество параметров. 2 Стандартная модель зависит от 19 числовых параметров, значения которых известны из эксперимента, но их источник остаётся неизвестным. 2

Физики уверены, что Стандартная модель должна быть частью некоторой более глубокой теории строения микромира, но что это за теория — достоверно пока неизвестно. 3