Разнообразие окрасов у среднеазиатских овчарок объясняется действием группы генов-модификаторов. 2 Под их влиянием скорость синтеза эу- и феумеланина в разных волосяных луковицах колеблется, что и приводит к появлению различных окрасов. 2

Кроме того, в пользовательной породе народной селекции среднеазиатской овчарке отбор идёт на рабочие качества и адаптивность, и только в последнюю очередь — на окрас, который используется в качестве маркерного признака. 2 Например, в одних районах наиболее ценятся чисто белые собаки, в других — чёрно-подпалые, в третьих — рыже-пегие с характерным распределением рыжих пятен на голове. 2

Стандарт породы среднеазиатской овчарки допускает почти все окрасы, кроме чепрачной, коричневой и голубой расцветок. 15