Современные строматолиты встречаются редко по нескольким причинам:

• Необходимость в специализированной среде обитания. 1 Строматолиты предпочитают тёплые солёные прибрежные воды, которых уже не существует в некоторых местах. 1
• Экстремальные условия. 2 Обычно строматолиты образуются в гиперсолёных лагунах или щелочных озёрах. 2
• Необходимость в периодическом воздействии солнечного света и воздуха. 2 В более глубоких частях водоёмов уровень солнечного света значительно ниже, что не позволяет цианобактериям проводить фотосинтез. 2

Однако есть примеры, когда современные строматолиты всё же встречаются, например, на острове Шейбарах в Красном море (Саудовская Аравия). 2