Сочетание «в том числе» считается сложным для пунктуации, потому что его нередко принимают за вводное, хотя в реальности оно никогда не бывает вводным: его нельзя переставить или выбросить без потери смысла. 1

В действительности это составной производный союз, используемый в присоединительных оборотах. 2 В отличие от других союзов, он не связывает однородные члены или части сложного предложения, а только присоединяет обороты со значением уточнения, конкретизации с выделением одного элемента общности. 1

Некоторые правила пунктуации в зависимости от того, где в предложении стоит сочетание «в том числе»: 3

• В начале предложения. Если «в том числе» употребляется в начале фразы и играет роль уточнения, запятая всегда нужна. 3
• В середине предложения. Если это словосочетание стоит в середине предложения, нужно поставить запятую перед «в том числе», а после него знак препинания не нужен. 3
• В конце предложения. Когда оборот стоит в конце предложения, перед ним обязательно ставят запятую. 3

Если сочетание «в том числе» следует сразу после союзов «а» или «и», то оно не отделяется от них запятой, то есть запятая стоит только перед союзом, а «в том числе» знаками не выделяется. 1