Словосочетание «вместе с тем» часто путают с вводными конструкциями из-за того, что его относят к лжевводным словам. 2
«Вместе с тем» — наречное выражение, которое интонационно можно выделить, но оно не является вводным оборотом и не обособляется запятыми. 12
Словосочетание употребляется для обозначения противопоставления или ввода новой мысли и синонимично таким конструкциям, как «однако», «но», «тем не менее». 1