Слово «пеня» в форме единственного числа считается устаревшим, потому что произошла трансформация, в результате которой слово застыло во множественном числе. 2

Это произошло из-за употребления слова в определённом смысле: предполагалось, что с момента просрочки человеку будут начисляться пени — не единожды, а за каждый просроченный день. 2 Такое использование закрепило в слове микрозначение множественности и повлияло на его актуальный грамматический статус. 2

Правильный современный вариант — «пени» (множественное число). 34