Слова «крыжовник» и «трущоба» стали исключениями в русском языке из-за особенностей их этимологии. 12
Крыжовник: этимологически в слове выделяются два суффикса: -ов-, -ник-. 1 В современном русском языке, где слово «крыж» ушло в пассивный запас, корень сросся с суффиксом -ов-, что заставляет заучивать слово как исключение, хотя в нём последовательно выдерживается правило написания о – ё в суффиксах после шипящих. 12
Трущоба: слово образовано с помощью суффикса -об- от несохранившегося труща — «хворост, треск». 12 Здесь также применимо правило «о – ё в суффиксах после шипящих». 12
Таким образом, исключение написания слов «крыжовник» и «трущоба» связано с историческими изменениями в структуре русского языка и особенностями образования этих слов.