Некоторые причины отступов от слогового принципа в русской орфографии:

• Обозначение гласных звуков после согласных, непарных по твёрдости-мягкости. 4 После всегда твёрдых согласных [ж], [ш], [ц] гласные звуки обозначаются буквами и, е, ё, изредка ю, я (например: жир, ширь, шест, жёлоб, шёпот, брошюра, жюри, парашют, цифра, цепь). 4 После всегда мягких [ч], [щ], вопреки слоговому принципу, пишутся буквы а, о, у (например: чаша, чокнуться, чудо, пища, Щорс, щука). 4
• Обозначение йота в заимствованных словах. 3 В заимствованных словах и в середине слова сочетания йота со следующим гласным могут передаваться с помощью буквы й и соответствующей гласной буквы (например: майор, район, майонез, майолика, фойе, фейерверк). 3
• Написание заимствованных слов с буквой е после твёрдых согласных. 13 Такое написание установлено потому, что твёрдые согласные в заимствованных словах постепенно, по мере обрусения, заменяются соответствующими мягкими согласными. 1