Симпатрическое видообразование происходит реже аллопатрического, потому что у видов с половым размножением новые мутации либо распространяются в популяции (при возможности скрещивания с особью-мутантом), либо уходят вместе с гибелью носителя (при невозможности скрещивания). 1

Однако у организмов, размножающихся бесполым путём, в том числе у высших растений с вегетативным размножением, один мутант, достаточно отличающийся от родительской популяции, чтобы быть генетически изолированным, может дать начало новому виду. 1

Также причиной симпатрического видообразования могут служить различные факторы, изолирующие одну часть популяции от другой, например:

• Геномные и хромосомные перестройки. 2 Они приводят к невозможности получения потомства между особями с различным кариотипом внутри одной популяции. 2
• Экологическая специализация. 2 Например, группа паразитов может оказаться крайне специализированной по одному хозяину (паразитирует только на нём) и этим она изолируется от остальной популяции. 2
• Репродуктивная изоляция. 2 Например, у многих рыб, обитающих в замкнутых водоёмах, образуются группы (экологические расы), различающиеся сроками и местами нереста. 2