Штаммы одного и того же вида могут различаться по свойствам из-за внутривидовой изменчивости содержания генов. 3

Некоторые штаммы могут содержать гены, которые отсутствуют у других представителей вида. 3 Также на свойства штаммов влияют экологические и биологические факторы, например специфичность фагов к хозяину или селективные преимущества приобретения определённых длинных сегментов ДНК. 3

Кроме того, штаммы одного и того же вида, выделенные из различных сред обитания, могут отличаться незначительными изменениями свойств. 2 Например, кишечная палочка, выделенная из организма человека, крупного рогатого скота, водоёмов или почвы, может быть разными штаммами. 2