Шестижаберные акулы считаются уязвимым видом, потому что они очень чувствительны к перелову. 14

При перелове численность этих акул долго восстанавливается, так как к продолжению рода способны лишь особи, размер тела которых превысил 2 метра. 3

Кроме того, на благополучие шестижаберных акул влияет деятельность человека, например, загрязнение морей. 3 Из-за него уменьшается количество ракообразных и некоторых видов рыб, которые являются привычным рационом шестижаберников. 3

Международный союз охраны природы присвоил этому виду статус «Близкий к уязвимому положению». 14