Семейство Лилейные считается парафилетическим с точки зрения современной систематики, потому что в современной системе классификации однодольных растений оно разделено на множество семейств, принадлежащих двум порядкам. 1

К порядку Лилиецветные относят 10 семейств, в том числе Лилейные и Безвременниковые. 1 К порядку Спаржецветные относят более двух десятков семейств, в том числе Спаржевые, Луковые, Амариллисовые, Ирисовые (Касатиковые), Гиацинтовые, Агавовые, Иглициевые. 1

Ранее к семейству Лилейные относились подснежник, ландыш майский, спаржа, гиацинт, пролеска сибирская, юкка, алоэ и многие другие растения, теперь они выделены в отдельные семейства. 2