Семена с одного и того же растения могут отличаться по цвету из-за модификационной изменчивости (при условии одного генотипа). 1 На неё могут влиять разные условия произрастания, например, питание и освещённость. 1

Также причиной различий может быть переопыление с другими сортами в предыдущую вегетацию. 1 Например, если при совместной посадке пыльца фиолетовых сортов опылит жёлтую кукурузу, то при созревании початки окажутся пёстрыми: одна часть зёрен жёлтая, а другая часть окрашена в различные оттенки фиолетового цвета. 2

Ещё одна возможная причина — влияние пыльцы на характеристики семян и плодов в оплодотворённом растении (ксения). 2 Например, у запасающей ткани семени могут проявиться доминантные (преобладающие) признаки «отца». 2