Несколько причин, по которым селекционерам сложно получать новые сорта растений путём скрещивания:

• Бесплодие межвидовых гибридов. 1 У них нарушается протекание мейоза при образовании половых клеток. 1 Для преодоления бесплодия таких гибридов применяют особые методы, например полиплоидию. 1
• Перенос нежелательных признаков. 3 Если в геном культуры вносят признак дикого родственника, например устойчивость к болезням, то вместе с ним переносятся и неблагоприятные признаки: низкая урожайность, плохой вкус, низкая питательная ценность. 3 Устранить их можно только путём трудоёмкого обратного скрещивания, то есть повторного скрещивания с родительской культурой. 3
• Непредсказуемость потомства. 5 Семена перекрёстноопыляющихся культур могут дать непредсказуемое потомство: из сотни высаженных семян стоящее может получиться всего на нескольких растениях. 5

Для получения новых сортов растений селекционеры также используют искусственный мутагенез, искусственный отбор (массовый и индивидуальный), внутривидовую и отдалённую (межвидовую) гибридизацию. 1