Секвенирование по Сэнгеру всё ещё используется в современной науке по нескольким причинам:

• Высокая точность и надёжность результатов. 1 Метод позволяет «прочитывать» последовательности длиной до 1000 пар нуклеотидов с точностью до 99% за один рабочий цикл. 3
• Возможность анализировать короткие участки ДНК или РНК. 1
• Автоматизация процесса. 13 Использование роботизированных систем, специализированных программ и алгоритмов упрощает и ускоряет исследование генома и анализ последовательностей ДНК. 1
• Применение в различных областях науки. 1 Метод используется в генетике и геномике, биоинформатике, эволюционной биологии, диагностике и лечении заболеваний. 1

Несмотря на то, что для крупномасштабного автоматизированного анализа генома секвенирование по Сэнгеру в больших объёмах заменили другими методами, его по-прежнему применяют для менее масштабных проектов и для проверки результатов глубокого секвенирования. 2