Секвенаторы нового поколения считаются более экономичными, чем устройства первого поколения, благодаря автоматизации основных этапов «чтения» ДНК и распараллеливанию этого процесса. 13
В результате за один прогон работы секвенатора можно определить первичные структуры нескольких участков генома. 13 Это позволяет получить больший объём информации в малых объёмах, что, в свою очередь, ускоряет и удешевляет процесс секвенирования. 4
Кроме того, современные секвенирующие платформы не требуют этапа клонирования фрагментов ДНК, что также экономит рабочее время и позволяет избежать ряда проблем с клонированием АТ-богатых участков. 4