Ржаное зерно имеет разные оттенки из-за содержания в нём флавоноидных пигментов. 1 За окраску у злаков отвечают флобафены (коричневая окраска семян), проантоцианидины (красные пигменты) и антоцианы (фиолетовые и голубые пигменты). 1

Различия по окраске зерна обусловлены накоплением определённых флавоноидных пигментов в разных частях зерновки. 1 Проантоцианиды синтезируются в семенной оболочке, антоцианы — в алейроновом слое (голубовато-серый оттенок) и в клетках перикарпа (фиолетовая окраска). 1

Также цвет ржаного зерна зависит от особенностей ржи как злака: оболочки её зёрен значительно толще, чем у пшеницы, и чаще всего ржаная мука содержит большое количество отрубей, то есть этих оболочек. 3 Они темнее внутренней части зерна, эндосперма, поэтому хлеб получается тёмным. 3