Рыбный филин считается редким видом по нескольким причинам:

• Ограниченный ареал обитания. 1 Этот вид встречается только в Японии и на Дальнем Востоке России. 1
• Специфическая среда обитания. 1 Рыбный филин зависит от проточной воды, в которой водится его основная добыча, а также нуждается в деревьях с определёнными типами дупел, где может устроить гнездо. 1 В связи с загрязнением водных ресурсов, вырубкой леса и уничтожением кормовой базы таких мест становится всё меньше. 1
• Деятельность человека. 3 Рыбному филину вредит рубка леса, рыбалка и браконьерство. 3 Гибель каждой особи является существенной для состояния популяции в целом: если самец или самка погибают, то у партнёра возникает перерыв в размножении на несколько лет. 3

Таким образом, рыбный филин занесён в Красную книгу как исчезающий вид. 3