Рябчик шахматный считается редким и охраняемым растением, потому что его численность сокращается, а ареал распространения уменьшается. 78

Некоторые причины сокращения численности вида:

• Застройка территории. 57 Места произрастания рябчика шахматного попадают под застройку, что приводит к сокращению популяции. 7
• Вырубка леса. 57
• Лесные пожары. 57
• Сбор растений (в букеты и для пересадки). 25
• Рекреация. 57

Рябчик шахматный занесён в Красную книгу Российской Федерации (категория 3) и в красные книги некоторых регионов, например Калужской, Липецкой, Московской и Орловской областей. 13

Для охраны вида на всей территории России рябчик шахматный запрещён к сбору и уничтожению. 3 Также для сохранения вида необходим поиск новых мест произрастания и взятие выявленных популяций под охрану. 38