Почему русский язык имеет такое большое количество исключений в правиле смягчения согласных?

Несколько причин, по которым русский язык имеет большое количество исключений в правиле смягчения согласных:

• Отсутствие парных мягких звуков у некоторых согласных. vk.com Исключениями являются звуки [ш], [ж], [ц], не имеющие мягких пар, и звуки [ч], [щ], [j], не имеющие твёрдых пар. vk.com
• Влияние звуков друг на друга. gramota.ru Позиционные изменения, касающиеся твёрдости/мягкости, могут быть вызваны только влиянием звуков друг на друга. gramota.ru
• Наличие однокоренных пар, где согласные звучат твёрдо. dzen.ru Филологи доказали, что практически у всех слов с некоторыми сочетаниями есть однокоренные пары, где данные согласные будут твёрдыми, и поэтому нелогично ставить мягкий знак. dzen.ru

Таким образом, большое количество исключений в правиле смягчения согласных связано с особенностями фонетической системы языка и влиянием звуков друг на друга.