Рудиментарные органы сохраняются в организмах разных видов позвоночных по нескольким причинам:

• Они закладываются ещё во внутриутробном состоянии и сохраняются на всю жизнь. 2 В отличие от провизорных (временных) органов, которые есть только у зародышей. 2
• Генетический механизм этого явления не изучен. 3 Предполагают, что в генотипе каждого организма очень много спящих генов, которые заблокированы. 3 Если их расшифровать, то можно будет проследить весь эволюционный путь организма. 3 Гены, которые контролируют развитие рудиментарного органа, также заблокированы, полностью (тогда орган совсем отсутствует) или частично (тогда орган недоразвит и представляет собой рудимент). 3
• Многие рудиментарные органы не исчезли до конца, потому что они выполняют второстепенные задачи. 5 Например, к человеческому копчику крепятся мышцы таза и ног — удаление «хвоста» немного снизит физические возможности. 5