Роль мезосом в бактериальных клетках остаётся предметом научных споров, потому что истинные функции этих структур конкретно до сих пор не определены. 2

К концу 1970-х годов накопились данные, свидетельствующие, что мезосомы — это артефакты, образовавшиеся в результате повреждения мембраны в процессе химической фиксации. 35 К середине-концу 1980-х годов, с достижениями в методах криофиксации, в целом был сделан вывод, что мезосом в живых клетках не существует. 3

Однако ряд учёных до сих пор утверждает, что мезосомы не во всех случаях являются артефактами. 5 По их мнению, в случае, когда эти структуры не являются обязательным компонентом клетки, они необходимы лишь для усиления отдельных её функций. 2