РНК-праймеры используются живыми организмами, потому что они необходимы для инициирования синтеза цепочки ДНК. 12 Класс ферментов, называемых праймазами, добавляет комплементарный РНК-праймер к матрице считывания как на ведущей, так и на отстающей цепях. 12

ДНК-праймеры используются в лабораторных исследованиях, поскольку они более температурно стабильны и подходят для методов в биохимии и молекулярной биологии, требующих синтеза ДНК in vitro (например, секвенирование ДНК и полимеразная цепная реакция). 12 Благодаря запрограммированному участку ДНК-праймеры прикрепляются только к тем нуклеиновым кислотам, для которых были созданы. 3