Ретротранспозоны важны для понимания эволюции генома, потому что они помогают отследить эволюцию вида. 2 Однажды встроенная в ДНК копия никуда из этого места генома не перемещается. 2 И если её видят у двух видов, но не видят у третьего, то первые два вида, скорее всего, ближе друг к другу. 2

Кроме того, ретротранспозоны влияют на структуру и функции генов. 1 Они могут выключать и изменять функции генов, изменять их структуру, мобилизовывать и реорганизовывать фрагменты генов и изменять эпигенетический контроль генов. 1

Например, РНК ретротранспозона ДДП-1 участвует в образовании гетерохроматина во время инактивации X-хромосомы, а плодовая муха использует обратную транскриптазу ретротранспозонов для продления теломерных участков. 1