Развитие молекулярной палеонтологии считается важным этапом в изучении древней жизни по нескольким причинам:

• Возможность исследовать эволюционные вопросы на генетическом уровне. 2 Молекулярная палеонтология позволяет выявлять сходство и различие организмов на основе комплекса молекулярных характеристик. 1
• Изучение эволюционных процессов тех групп органического мира, которые не известны в палеонтологической летописи. 5 Также с помощью молекулярной палеонтологии можно проводить биоисторические реконструкции древнейших (догеологических) периодов. 5
• Открытие и характеристика новых видов. 2 Методы молекулярной палеонтологии, применяемые к окаменелостям, способствовали открытию и описанию нескольких новых видов. 2
• Возможность возрождать вымершие виды. 2 С помощью методов молекулярной палеонтологии стало возможным клонирование вымерших животных, что раньше считалось невозможным. 4
• Оценка возраста горных пород. 3 Поскольку организмы прошлого обитали только в определённых географических условиях, по ним геологи судят об условиях образования горных пород и месторождений полезных ископаемых. 3