Разрушение третичной структуры белка ведёт к необратимой денатурации, потому что при этом разрушаются ковалентные взаимодействия между боковыми цепями аминокислот, например, дисульфидные мостики между цистеиновыми группами. 2
Также при денатурации третичной структуры нарушаются нековалентные диполь-дипольные взаимодействия между боковыми цепями полярных аминокислот и окружающим растворителем, а также ван-дер-ваальсовые взаимодействия между неполярными боковыми цепями аминокислот. 2
Кроме того, разные полипептидные цепи взаимодействуют своими гидрофобными участками, слипаются и образуют большие агрегаты — твёрдые частицы белка, выпадающие в осадок. 1