Разные популяции одного и того же вида отличаются по частоте встречаемости различных вариантов генов по нескольким причинам:

• Независимое появление мутаций. 1 В изолированной популяции могут возникать мутации, которые не наблюдаются в других популяциях. 1
• Дрейф генов. 12 Это случайное ненаправленное изменение частоты встречаемости аллелей. 2 Например, при отделении новой популяции от родительской процент определённых аллелей среди отделившихся особей будет иным, чем в исходной популяции. 1
• Волны (флуктуации) численности популяций. 1 После очередного спада численности популяции оставшаяся часть особей отличается по генетическому составу от прежней, многочисленной популяции. 1
• Неодинаковые условия внешней среды. 5 В одном месте выгодно иметь одни варианты гена, а в другом месте — другие. 4 Например, на территориях с холодным климатом преобладают особи с вариантом генов, более приспособленным к низким температурам. 3