Расстояние между генами, определённое на генетической и цитологической картах, может различаться из-за неравномерности частоты кроссинговера в разных участках хромосом. 12

Кроссинговер — процесс обмена участками гомологичных хромосом при скрещивании, который служит мерой расстояния между генами на генетической карте. 1 Частота кроссинговера зависит не только от расстояния между генами, но и от местонахождения района хромосомы, в котором он находится. 5

Например, кроссинговер обычно затруднён в гетерохроматиновых — значительно спирализованных районах хромосом. 1

Таким образом, генетические расстояния обычно не совпадают с цитологическими, при этом на генетических и цитологических картах хромосом сохраняется один и тот же порядок генов. 1