Прототакситы считаются одними из древнейших наземных организмов, потому что они существовали в девонский период палеозойской эры, начавшийся около 450 миллионов лет назад. 2 Тогда ещё на Земле не было древесных растений, а лопастеперые рыбы только начинали адаптироваться к жизни на суше. 2

Первые находки прототакситов сделал ботаник Джон Доусон в 1859 году. 3 Он дал им название, полагая, что это древние гигантские растения, являющиеся предшественниками современных хвойных деревьев. 2 Однако позднее американский ботаник Френсис Хьюбер высказал гипотезу, что прототакситы на самом деле являются грибами. 23

В 2007 году был проведён изотопный анализ, который подтвердил родство прототакситов с современными грибами. 3 Дело в том, что разные образцы показывали разное изотопное содержание углерода, что нетипично для растений. 3