Протоавис считается более эволюционно продвинутым, чем археоптерикс, из-за особенностей строения его скелета. 15
Некоторые прогрессивные признаки протоависа:
- обширная и тонкостенная мозговая коробка; 1
- латеральная сочленовная ямка для квадратно-скуловой кости на квадратной кости; 1
- двухголовчатая квадратная кость; 1
- гетероцельное строение шейных позвонков; 1
- удлинённые коракоид и лопатка, сочленяющиеся через ямку на коракоиде и выступ на лопатке; 1
- слияние концов 3-й и 4-й метакарпалий в кисти; 1
- глубокие ямки для почек с внутренней стороны подвздошных костей; 1
- мыщелок под малую берцовую кость на дистальном эпифизе бедра. 1
Эти признаки характеризуют строение скелета, близкое к таковому у веерохвостых птиц — настоящих птиц. 1