Протисты важны для экосистемы по следующим причинам:

• Первичное производство. 1 Фотосинтетические протисты (водоросли) ответственны за почти половину всей первичной продукции планеты. 1
• Участие в круговороте веществ. 23 Протисты очищают воду от бактерий и гниющих органических остатков, а также сами становятся кормом для рыб. 3
• Поддержание газообмена. 3 Протисты участвуют в фотосинтезе, насыщая атмосферу достаточным количеством кислорода. 3
• Участие в почвообразовании. 3 Благодаря протистам происходит образование осадочных пород, горообразование, появление островов, полудрагоценных камней. 3
• Потенциал в промышленности и сельском хозяйстве. 1 Водоросли могут служить основой для производства биотоплива, нутрицевтиков, сырья, удобрений и продуктов питания. 1
• Биомаркеры здоровья экосистемы. 1 Протисты могут выступать в качестве индикаторов состояния окружающей среды. 2