Просвечивающая электронная микроскопия считается перспективным методом изучения ДНК по нескольким причинам:

• Возможность визуализации очень маленьких структур. 3 В просвечивающей электронной микроскопии вместо пучка света к образцу посылается луч электронов. 3 Длина волны электронов намного меньше, чем длина волны света, поэтому с помощью электронного микроскопа можно наблюдать даже отдельные атомы. 3
• Возможность получения изображений с высокой длиной считывания. 1 По оценкам ZS Genetics, потенциальная длина считывания при секвенировании ДНК с помощью просвечивающей электронной микроскопии составляет от 10 000 до 20 000 пар оснований. 1 Такая большая длина считывания позволила бы упростить сборку генома и прямое обнаружение гаплотипов. 1
• Возможность непосредственного получения изображения ДНК. 1 Чтобы чётко визуализировать ДНК под электронным микроскопом, её нужно пометить тяжёлыми атомами. 1

Однако технология секвенирования ДНК с помощью просвечивающей электронной микроскопии пока коммерчески недоступна. 1 Одна из причин — проблема повреждения образца электронным пучком. 1