Прокариотические рибосомы способны находить стартовый AUG-кодон и инициировать синтез на любых участках мРНК, потому что они ассоциируются с мРНК и узнают инициирующий кодон независимо от 5'-конца. 4

Это возможно благодаря наличию в мРНК особой последовательности (последовательности Шайна-Дальгарно), комплементарной рРНК малой субъединицы, за счёт чего осуществляется связывание. 5 Последовательность служит для того, чтобы отличать инициаторный AUG от внутренних кодонов, кодирующих метионин. 1

В то время как эукариотические рибосомы обычно присоединяются к мРНК в области кэпа и сканируют её в поисках стартового кодона. 12