Вымирание эндемичных видов животных происходит по разным причинам, среди которых:

• Разрушение среды обитания. 1 Это происходит из-за деятельности человека: сельского хозяйства, лесозаготовки, добычи природных ресурсов, роста населённых пунктов, промышленной рыбной ловли и т. п.. 1 Когда среда обитания разрушена, её ёмкость для местных видов снижается, и их популяции сокращаются или полностью исчезают. 1
• Чрезмерная охота и вылов. 1 Неконтролируемая охота может сократить местную популяцию охотничьих животных более чем наполовину, а также снизить плотность популяции и привести к исчезновению некоторых видов. 1
• Интродукция хищников. 2 Например, исчезновение многих видов сумчатых в Австралии и Новой Зеландии произошло после интродукции туда домашних кошек, лисиц, хорьков, горностаев и ласок. 2
• Загрязнение окружающей среды. 5 Оно делает землю, воздух и воду непригодными для живых организмов. 5
• Изменение климата. 5 По некоторым оценкам, свыше 90% эндемичных видов столкнутся с негативными последствиями, такими как сокращение популяции, если температура на планете повысится всего на 3 °C. 2
• Автогенетические процессы, связанные с ограничением ареала. 2 Для островных видов, горных и озёрных эндемиков вымирание происходит в результате генетического вырождения, проблем с поиском партнёра при критическом разрежении популяции и резких колебаний численности. 2