Почему происходит снижение качества данных при секвенировании длинных последовательностей?

Некоторые причины снижения качества данных при секвенировании длинных последовательностей:

• Мотив-специфичные ошибки. parseq.pro Это ошибки определения оснований, связанные с конкретными паттернами последовательностей. parseq.pro Они характерны для повторяющихся или сложных мотивов, таких как гомополимеры и специфические триплеты. parseq.pro
• Неравномерное включение нуклеотидов или нестабильность флуоресцентного сигнала. parseq.pro Если определённый триплет вызывает эти процессы, это приводит к высокой частоте ошибок на этих участках. parseq.pro
• Влияние состава реагентов для секвенирования. parseq.pro Например, участки с высоким GC-составом и небольшими повторяющимися мотивами затрудняют секвенирование с использованием некоторых реагентов. parseq.pro
• Сложность структуры ДНК. sites.icgbio.ru Например, длинные участки повторяющейся ДНК часто не учитываются, неправильно отображаются и собираются всеми платформами. sites.icgbio.ru
• Снижение скорости транслокации. genomebiology.biomedcentral.com Скорость сдвига основания за основанием нуклеиновой кислоты через пору обычно снижается на поздних стадиях выполнения секвенирования, что негативно влияет на качество. genomebiology.biomedcentral.com

Чтобы минимизировать влияние ошибок на результаты секвенирования, используют фильтрацию и коррекцию данных, а также дополнительные технологии, например, объединение данных коротких и длинных ридов. parseq.pro