Образование природных жемчужин происходит в результате защитной реакции организма моллюска на инородное тело, попавшее в мантию или между мантией и раковиной. 1

В качестве раздражителя может выступать, например, частичка пищи или паразит. 3 Моллюск реагирует на «гостя» тем, что выделяет жидкость, содержащую арагонит (карбонатный минерал) и конхиолин (белок). 3 Когда эти вещества смешиваются с «нарушителем», образуется перламутр. 3

Со временем перламутр накапливается слоями вокруг центра, и таким образом формируется жемчужина. 3 Скорость роста зависит от вида раковины и её возраста, места обитания (пресный водоём или солёная морская вода), экологической обстановки. 2

В некоторых случаях наличие песчинки необязательно — эпителиальные клетки формируют жемчужины в ответ на другие раздражители, например, вторжение паразита. 5