Принцип рекапитуляции не всегда работает в эмбриональном развитии по нескольким причинам:

• Различия на ранних стадиях развития. 2 Например, бластула и гаструла зародышей позвоночных резко различаются по строению. 2 Лишь на более поздних стадиях развития наблюдается «узел сходства» — стадия, на которой закладывается план строения, характерный для позвоночных, и зародыши всех классов действительно похожи друг на друга. 2 Различия ранних стадий связаны с разным количеством желтка в яйцеклетках. 2
• Перестройки эмбрионального развития на ранних стадиях. 2 При них генетические программы развития меняются настолько существенно, что их полное восстановление в ходе дальнейшей эволюции становится практически невероятным. 2
• Влияние ценогенезов. 1 Это эмбриональные приспособления, которые «затемняют» рекапитуляцию. 1

Таким образом, рекапитуляция может быть только частичной. 2