Некоторые причины, по которым принцип работы маятника до сих пор остаётся загадкой для учёных:

• Влияние внешних сил. 1 На движение маятника могут влиять сопротивление воздуха, трение и вибрация. 1 Чтобы свести к минимуму эти эффекты, маятники, используемые в устройствах точного измерения времени, заключаются в вакуум или помещаются в защитный кожух. 1
• Исключения из правил. 5 Например, в 1954 году французский физик Морис Аллэ заметил, что во время солнечного затмения маятник, который до этого двигался очень точно, внезапно стал вращаться в обратном направлении. 5 Точного ответа, почему так происходит, пока нет. 5
• Синхронизация маятников. 34 Феномен открыл нидерландский физик Христиан Гюйгенс ещё в 1665 году. 4 Он обнаружил, что маятники двух часов, спустя некоторое время, после того как их повесят на одну стену, начинают качаться синхронно либо с полным совпадением фазы, либо в антифазе. 4 Многие вопросы, связанные с синхронизацией, остаются без ответа и по сей день. 3

Однако в 2015 году физики из Лиссабонского университета разрешили загадку синхронизации маятников, использовав компьютерное моделирование и высокоточные оптические лазерные измерители. 4