Причастие «колышущийся» образовано от глагола «колыхать» с суффиксом «-ущ-» потому, что глагол «колыхать» относится к 1-му спряжению. 14
Согласно правилу, действительные причастия настоящего времени с суффиксами «-ущ-» («-ющ-») образуются от глаголов 1-го спряжения. 45