Пунктуационные сложности при стыковке союзов в сложных предложениях возникают из-за разнообразных правил постановки запятой в таких конструкциях.                                                                          vk.com                                                                                               infourok.ru                      
 Некоторые из них:
  - При стыке двух подчинительных союзов запятая ставится, когда второй союз не имеет соотносительной части «то», «так», «тогда».                                                                          vk.com                       Если же такие слова есть, запятая не ставится.                                                                          vk.com                                                                                               infourok.ru                      
- При стыке сочинительного и подчинительного союзов если после придаточной части есть слова «но», «однако», «то», «так», «тогда», запятую не ставят.                                                                          vk.com                       Если эти слова отсутствуют, запятая между союзами ставится.                                                                          vk.com                      
- Если придаточное предложение можно убрать со вторым из рядом стоящих союзов или переставить в другое место в предложении, то запятая на стыке союзов ставится.                                                                          www.yaklass.ru                       Если это сделать нельзя, запятая не ставится.                                                                          www.yaklass.ru                      
Таким образом, пунктуационные сложности связаны с необходимостью учитывать различные условия и правила для правильной постановки знаков препинания.