Чередование согласных «ч» и «к» в корне глагола «испечь» при спряжении связано с естественным фонетическим процессом (палатализацией), при котором произошло смягчение согласных и изменение артикуляции. 1

Раньше глагол «печь» звучал как pektĭs, поэтому «к» сохранился в словах «выпекать», «запекать», «пекарня», «пеку». 1 Преобразование («смягчение») «к» в «ч» можно наблюдать в словах «печёт», «печём», «печенье» и т. д.. 1

При спряжении глагола «испечь» чередование «ч/к» появляется только в 1 лице единственного числа (я «испеку») и в 3 лице множественного числа (они «испекут»). 5