Расщепление 9:3:4 при рецессивном эпистазе наблюдается из-за того, что рецессивный аллель одного гена в гомозиготном состоянии не даёт возможности проявиться доминантному или рецессивному аллелям другого гена. 1

Например, при наследовании голубой, чёрной и белой окраски у кроликов ген а в гомозиготном состоянии блокирует образование пигмента и препятствует проявлению гена В, что приводит к расщеплению 9:3:4. 3