При кроссинговере происходит рекомбинация аллелей в гомологичных хромосомах, потому что в этом процессе они могут обмениваться участками. 2 В результате образуются новые хромосомы, содержащие гены отцовских и материнских хромосом. 2

Аллели, входящие в группу сцепления у родительских особей, разделяются и образуют новые комбинации генетического материала, которые попадают в гаметы. 2 Когда хромосомы переходят в мейоз II и разделяются, некоторые дочерние клетки получают дочерние хромосомы с рекомбинированными аллелями. 1 Из-за этой генетической рекомбинации потомство имеет другой набор аллелей и генов, чем у его родителей. 1

В большинстве случаев кроссинговер — очень точный процесс за счёт молекулярной гомологии участков хромосом, вступающих в кроссинговер. 3 В результате происходит обмен равными участками хромосом с равным количеством генов. 3 Однако могут наблюдаться разрывы не в тождественных участках — это неравный кроссинговер. 3 Вследствие неравного кроссинговера участок одной из гомологичных хромосом может удвоиться или утроиться, а в противоположной хромосоме обнаруживается его нехватка. 3