При инбридинге у животных снижается генетическое разнообразие, потому что скрещивание родственных животных ведёт к увеличению гомозиготности генотипов потомков. 1 В результате у потомков могут закрепиться летальные и другие «вредные» гены. 1

Также при инбридинге возрастает количество генов, перешедших в гомозиготное состояние, поэтому у потомства могут проявиться признаки, не свойственные ни самому родоначальнику, ни его ближайшим предкам. 5

Кроме того, повышение гомозиготности ведёт к снижению генетического разнообразия в популяции и, как следствие, к снижению способности животных адаптироваться к постоянно меняющимся условиям внешней среды. 1

Инбридинг особенно проблематичен в небольших популяциях, где генетическая изменчивость уже ограничена. 3