При анализирующем скрещивании различные фенотипические группы проявляются из-за кроссинговера между аллельными генами. 15

В результате мейоза гомологичные хромосомы обмениваются участками, что приводит к появлению рекомбинантных хромосом с новыми группами сцепления. 5 В результате даже при сцеплении генов образуются четыре фенотипа, но их соотношение далеко не 1 : 1 : 1 : 1. 5

Также присутствие в потомстве двух групп особей с доминантными и рецессивными признаками примерно в равных долях объясняется законом сцепленного наследования признаков. 1

Таким образом, формирование разных фенотипических групп в анализирующем скрещивании зависит от конкретных условий и процессов в организме.